A diferença entre a Bíblia utilizada pela Igreja Católica e a que os protestantes fazem uso, está na quantidade de livros encontrados no Antigo Testamento. Na Bíblia dos protestantes, o Antigo Testamento possui apenas 39 livros, enquanto a Bíblia católica dispõe de 46 livros. Portanto, a Bíblia católica possui sete livros a mais do que a manuseada pelos protestantes.
Martinho Lutero e seus seguidores, durante a Reforma Protestante, decidiram rejeitar os seguintes livros da Bíblia: Tobias, Judite, Baruc, Eclesiástico, Sabedoria, I e II Macabeus. Além deles, também foram removidos alguns trechos, como versículos e capítulos, dos livros de Daniel e Ester.
Os livros considerados apócrifos, não são encontrados em nenhuma das Bíblias. As diferenças apresentadas entre os livros, refletem diretamente na crença de católicos e protestantes.